Bei der Vorbereitung eines Projekts werden die Rahmenbedingungen für die Durchführung des Projektes festgelegt. Die beteiligten Partnerorganisationen nehmen die Projekte in ihre  Organisationsstruktur auf und planen ihre internen Ressourcen für das Projekt. 

Die Partnerorganisationen verständigen sich zudem auf die Art und Weise der Zusammenarbeit. Sie legen gemeinsam fest, welche Verantwortlichkeiten die einzelnen Projektteilnehmenden haben, wie die benötigten Prozesse zur Kommunikation und Umsetzung der Arbeitspakete aussehen und welche Werkzeuge zur Projektdurchführung und Projektdokumentation genutzt werden. 

In Bezug auf den Datenschutz gilt es zu berücksichtigen: 

• Datenschutz als projektübergreifendes Thema in der eigenen Organisation: Welche Auswirkungen hat das Projekt auf die bisherige Umsetzung des Datenschutzes? Müssen eventuell neue Prozesse oder Maßnahmen aufgesetzt werden?
  
• Projektinterner Datenschutz: Was müssen die Projektbeteiligten in Bezug auf die datenschutzrechtlichen Anforderungen beachten? Es lohnt auch eine Abstimmung, ob die Prozesse in allen Partnerorganisationen angemessen umgesetzt sind.